На сегодняшний день, можно сказать, что согласно с 1 января 2020 г., когда все лекарственные препараты и все субъекты их обращения вольются в систему обязательной маркировки, их реализация/отпуск, согласно новой редакции 12‑го абзаца статьи 346.27 Налогового кодекса РФ, поэтому аптеки розничной торговлей считаться не будут.

Из-за этого некоторые участники рынка могут лишиться не только статуса розничной торговли, но и вместе с тем упрощенной схемы уплаты налогов по ЕНВД и ПНС. Этим методом отчислений в ФНС часто пользуются небольшие аптечные сети и единичные аптеки. Ввиду того, что наценка у них на фармацевтические средства минимальная, то можно говорить об уменьшении числа одиночных аптек в будущем.

Попросту говоря, пока законопроект помимо положительный свойств маркировки, лишает статуса розничной торговли всех участников рынка, что может иметь не очень приятные последствия для малых точек продаж лекарственными средствами. 

Если говорить о федеральных и региональных аптечных сетях, то на их деятельности введение новых правил никак не отразится.