С принятием декрета в начале 1920-х годов в СССР была развернута сеть специализированных санитарно-профилактических учреждений – санитарно-эпидемиологических станций, призванных предупреждать инфекционные заболевания и улучшать санитарное состояние населённых пунктов.

В 1933 году функции службы были перераспределены: при сохранении санитарно-эпидемиологических станций была создана Государственная санитарная инспекция, осуществлявшая общее руководство санитарно-эпидемиологической работой и предупредительный санитарный надзор. В начале 1950-х годов эта инспекция была ликвидирована, но система санитарного надзора продолжила своё развитие. В 1963 году новое «Положение о Государственном санитарном надзоре в СССР», утверждённое постановлением Совета Министров, обозначило следующий этап становления службы. 

Качественный перелом в правовом оформлении деятельности санитарно-эпидемиологического надзора произошёл в конце XX века. В 1991 году был принят Закон РСФСР «О санитарно-эпидемиологическом благополучии населения», впервые закрепивший на законодательном уровне регулирование в этой сфере. В 1999 году новый федеральный закон уточнил и расширил основные положения предыдущего акта.

Параллельно в 1993 году при Комитете РФ по торговле была создана Государственная инспекция по торговле, качеству товаров и защите прав потребителей (Госторгинспекция), чьи полномочия включали государственный контроль за соблюдением норм и правил торговли и общественного питания, порядком применения цен по отдельным группам товаров, качеством и безопасностью товаров народного потребления, а также деятельность по искоренению злоупотреблений в торговле, общественном питании и недопущению поступлений на потребительский рынок недоброкачественных товаров. В 2000 году она вошла в структуру Министерства экономического развития и торговли РФ.

В 2012 году указом Президента Российской Федерации и постановлениями Правительства Российской Федерации были проведены структурные изменения в системе федеральных органов исполнительной власти, в том числе затронувшие нормативно-организационные основы Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека (Роспотребнадзор). 

К столетию Государственной санитарно-эпидемиологической службы по поручению Президента Российской Федерации Владимира Путина, с 2022 года в соответствии с распоряжением Правительства Российской Федерации 15 сентября отмечается День федерального государственного санитарно-эпидемиологического надзора.